विभागीय प्रमुखको रुपमा महानिर्देशक विभागको प्रमुख पदाधिकारी हो । महानिर्देशकले गर्ने प्रमुख कार्यहरु निम्न बमोजिम छन्

•  प्रशासकीय अधिकारीको काम कर्तव्य र अधिकार सम्बन्धी कानूनी अनुरुप विभागीय प्रमुखले गर्ने कार्यहरु गर्ने
•  प्राप्त अख्तियारी अनुसार विभागको आर्थिक कारोवारको संचालन गर्ने गराउने र आवश्यकता अनुसार अख्तियारी दिने
•  विभागमा कार्यरत कर्मचारीहरुलाई शाखा वा फाँटमा खटाउने र खटाउन लगाउने
•  विभाग र विभाग अन्तर्गत कार्यरत निजामती कर्मचारीहरुको ऐन नियम अनुसार सुपरीवेक्षण एवं पुनरावलोकन गर्ने
•  विभाग अन्तर्गतका शाखा एवं पदाधिकारीहरु र मातहतका कारागार कार्यालयहरुको निरिक्षण गर्ने
•  विभाग र विभाग अन्तर्गतका कार्यालयहरुको काम कारवाहीका सम्बन्धमा विभागमा परेका उजुरीहरुको छानविन गर्ने गराउने र ऐन कानून बमोजिम कारवाही गर्ने गराउने
•  कारागार व्यवस्थापन विभगको तर्फबाट अरु निकायहरुसित गरिने सम्झौताहरु गर्ने
•  विभागको तर्फबाट नीतिगत सुधार एवं बजेट निकासा र विभागभन्दा माथिल्लो स्तरबाट हुने निर्णयहरुको निम्ति मन्त्रालयमा अनुरोध गरि पठाउने ।
• बन्दी प्रशासन(स्थानान्तरण,शतप्रतिशत मिनाहा र माफी मिनाहा)सम्वन्धी निर्णय गर्ने ।